JSA(JAPAN SECRET AGENT)の女スパイ03は、JSAの新人が訓練を受けたり引退したベテランスパイが教官として余生をすごしている村、津田村から突然村人が消えた事件についての捜査を依頼される。人っ子一人いなくなった村を見回る03。03は、見回りながら不穏な気配に気がついていた。露天風呂で汗を流していた03の背後に忍び寄る黒い影。なんと、不気味な忍者集団が襲ってきたのだ!その場はなんとか逃れる03だったが、敢えて探し回る忍者たちの前に姿を現す。
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